Κάθε πρόγραμμα άσκησης στην πισίνα περιλαμβάνει τρεις βασικές φάσεις, όπως και στην περίπτωση της γυμναστικής στην ξηρά.

1. Προθέρμανση: Η θερμοκρασία του νερού είναι χαμηλότερη από του σώματος, γι' αυτό και η είσοδος στην πισίνα θα πρέπει να γίνεται αργά και η άσκηση σταδιακά για να προετοιμαστεί κατάλληλα ο οργανισμός για το κυρίως πρόγραμμα.
2. Κυρίως πρόγραμμα: Περιλαμβάνει ένα ή περισσότερα είδη γυμναστικής, κάνοντας χρήση ή όχι εξοπλισμού.
3. Αποθεραπεία: Περιλαμβάνει ασκήσεις χαλάρωσης και διάτασης για να επανέλθει ο οργανισμός σε κατάσταση ηρεμίας.