To βιβλίο «Billion Years: My Escape From a Life in the Highest Ranks of Scientology», από το πρώην στέλεχος της εκκλησίας Mike Rinder, ισχυρίζεται ότι τα μέλη της εκκλησίας συνέβαλαν στον τερματισμό του γάμου του Cruise με την Mimi Rogers - που ήταν επίσης οπαδός της Σαϊεντολογίας - επειδή ο ηθοποιός είχε έντονο ενδιαφέρον για τη Nicole Kidman.
Ο Cruise ξετρελάθηκε με την Αυστραλή ηθοποιό ενώ γύριζε το Days of Thunder το 1989, έτσι ο αρχηγός της εκκλησίας David Miscavige και ο συνάδελφός του Greg Wilhere αποφάσισαν να επισκεφθούν τα γυρίσματα για να δουν πώς θα μπορούσαν να πραγματοποιήσουν τις επιθυμίες του Tom. Στον Wilhere, σύμφωνα με το βιβλιο, «ανατέθηκε να πείσει τη Mimi να συμφωνήσει σε διαζύγιο, ώστε ο Tom να παντρευτεί τη Nicole», κάτι που θεωρήθηκε «πολύ ασυνήθιστο και δεν θα είχε συμβεί ποτέ με έναν κανονικό Σαϊεντολόγο». Ο λόγος ήταν ότι ήθελαν να κρατήσουν ευχαριστημένο τον διάσημο ηθοποιό που ήταν μέλος τους, ακόμα κι αν αυτό έκανε ένα άλλο μέλος τους, όπως η Rogers, δυστυχισμένο. Η ηθοποιός μάλιστα εγκατέλειψε την Εκκλησία της Σαϊεντολογίας όταν χώρισε με τον Cruise.
Όπως ήταν αναμενόμενο, υπήρξαν αντιδράσεις. Εκπρόσωπος της Σαϊεντολογίας αποκάλυψε στo Page Six ότι το βιβλίο του Rinder ήταν «εντελώς γελοίο» και χαρακτήρισε τον συγγραφέα «έναν αχαρακτήριστο ψεύτη που επιδιώκει να επωφεληθεί από την ανεντιμότητα του». Πρόσθεσε, «Υποστηρίζει τον εαυτό του ενορχηστρώνοντας την παρενόχληση της πρώην Εκκλησίας του και του ηγέτη της, μέσω ψευδών αστυνομικών αναφορών, εμπρηστικής προπαγάνδας και δόλιων ιστοριών στα μέσα ενημέρωσης».
Ωστόσο, αυτή η ιστορία του Days of Thunder επιβεβαιώθηκε από το πρώην στέλεχος της Εκκλησίας της Σαϊεντολογίας, Mark «Marty» Rathbun, ο οποίος έχει τεκμηριώσει πώς το τέλος και των δύο γάμων του Cruise με την Rogers και αργότερα με την Kidman το 2001, οφείλονταν σε παρέμβαση του Miscavige.
Η Nicole Kidman μιλά για τα δύο παιδιά της με τον Tom Cruise και τη Σαϊεντολογία
«Ήταν ενδεικτικό του πόσο μακριά ήταν διατεθειμένος να φτάσει ο Miscavige για να συμμαχήσει με τον Cruise», σημειώνει το βιβλίο. Το αστέρι του Top Gun: Maverick έχει διατηρήσει την πίστη του στην εκκλησία παρά όλους τους ισχυρισμούς, ακόμη και εκείνες τις συγκλονιστικές ιστορίες που κατήγγειλε η ηθοποιός Leah Remini, η οποία δήλωσε για τον Cruise ότι «ξέρει καλά τι συμβαίνει στη Σαϊεντολογία, μην τον αφήσετε να σας ξεγελάσει».